卵巢巧克力囊肿通常无法自愈。该囊肿因子宫内膜组织异位至卵巢，在激素作用下每月周期性出血，血液积聚形成包裹性囊肿，随病程延长逐渐增大，且囊壁纤维化后难以自行吸收。
极少数情况下，绝经后女性因雌激素水平大幅下降，异位内膜失去活性，囊肿可能缩小甚至钙化，但这一过程缓慢且不可预测，期间仍可能引发盆腔粘连或疼痛。
年轻女性或囊肿持续存在者，需通过药物（如短效避孕药、孕激素）抑制月经来潮，减少出血刺激，或手术剥除囊肿以缓解症状。若放任不管，囊肿可能持续增大、破裂或粘连，影响生育及生活质量，因此需积极管理而非等待自愈。
